測(cè)序儀和PCR儀是現(xiàn)代分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中重要的實(shí)驗(yàn)室儀器,它們?cè)诨蜓芯亢秃怂釞z測(cè)等領(lǐng)域發(fā)揮著重要作用。雖然兩者都與 DNA相關(guān),但它們的功能和原理卻大相徑庭。測(cè)序儀和PCR儀有什么不同?
一、工作原理
1. PCR儀(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)儀)工作原理
PCR儀的主要功能是進(jìn)行聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Reaction,簡(jiǎn)稱PCR),這是一種在體外模擬DNA自然復(fù)制的過程。PCR儀通過控制溫度變化,使DNA樣本在以下幾個(gè)階段循環(huán):
(1)變性:將雙鏈DNA加熱至94-98℃,使DNA雙鏈分離成單鏈。
(2)退火:將溫度降至50-65℃,使引物與單鏈DNA模板結(jié)合。
(3)延伸:將溫度升至72℃,DNA聚合酶開始沿著引物方向合成新的DNA鏈。
通過這三個(gè)階段的循環(huán),PCR儀可以在短時(shí)間內(nèi)實(shí)現(xiàn)DNA的指數(shù)級(jí)擴(kuò)增。
2. 測(cè)序儀工作原理
目前常用的測(cè)序技術(shù)是Sanger測(cè)序和二代測(cè)序(Next-Generation Sequencing, NGS)。
Sanger測(cè)序(第一代測(cè)序技術(shù))
Sanger測(cè)序是一種鏈終止法,其基本原理如下:
DNA模板準(zhǔn)備:先需要將待測(cè)序的DNA片段克隆到適當(dāng)?shù)妮d體中,并通過PCR擴(kuò)增出大量的單鏈DNA模板。
測(cè)序反應(yīng)混合物的制備:將DNA模板與四種不同的脫氧核糖核苷酸(dNTPs)、適量的DNA聚合酶和一種或多種帶有不同熒光標(biāo)記的鏈終止核苷酸(ddNTPs)混合。
鏈延伸與終止:在DNA聚合酶的作用下,DNA鏈會(huì)不斷地延伸。當(dāng)鏈終止核苷酸(ddNTPs)被加入到正在延伸的DNA鏈中時(shí),由于它沒有3’羥基,無法形成磷酸二酯鍵,導(dǎo)致DNA鏈的延伸在此處終止。
電泳分離:將測(cè)序反應(yīng)產(chǎn)物加載到毛細(xì)管電泳儀中,通過電泳根據(jù)片段長(zhǎng)度進(jìn)行分離。由于鏈終止核苷酸帶有不同的熒光標(biāo)記,因此在電泳過程中會(huì)發(fā)出不同顏色的熒光。
熒光檢測(cè)與數(shù)據(jù)分析:電泳過程中,熒光檢測(cè)器會(huì)記錄下熒光信號(hào),并生成測(cè)序峰圖。通過分析峰圖,可以確定DNA序列。
二代測(cè)序(NGS)
二代測(cè)序技術(shù)包括多種不同的平臺(tái),如Illumina/Solexa、Roche/454、Ion Torrent等,它們的工作原理各有不同,但基本步驟相似。以下以Illumina/Solexa平臺(tái)為例解釋其工作原理:
文庫構(gòu)建:將待測(cè)序的DNA或RNA片段化,并在片段兩端添加特定的適配器( adapters ),通過 PCR 擴(kuò)增形成測(cè)序文庫。
測(cè)序芯片加載:將測(cè)序文庫加載到測(cè)序芯片上,每個(gè)芯片上有數(shù)百萬到數(shù)十億個(gè)獨(dú)立的測(cè)序反應(yīng)微孔。
橋式PCR擴(kuò)增:在微孔中,通過橋式PCR擴(kuò)增,使每個(gè)微孔中只含有一個(gè)特定的 DNA片段的多個(gè)拷貝。
測(cè)序循環(huán):測(cè)序循環(huán)包括以下幾個(gè)步驟:
加堿基:向微孔中加入四種不同的熒光標(biāo)記的核苷酸,但它們不含有鏈終止基團(tuán)。
成像:檢測(cè)并記錄每個(gè)微孔中的熒光信號(hào),對(duì)應(yīng)于加入的核苷酸。
化學(xué)降解:去除未結(jié)合的核苷酸和熒光標(biāo)記,為下一輪測(cè)序循環(huán)做準(zhǔn)備。
數(shù)據(jù)分析:通過分析每個(gè)循環(huán)的熒光信號(hào),生成原始測(cè)序數(shù)據(jù)。然后,通過生物信息學(xué)分析,將這些數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成DNA序列。
二代測(cè)序技術(shù)因其高通量、高效率、低成本的特點(diǎn),在基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀遺傳學(xué)等領(lǐng)域得到了廣泛應(yīng)用。
二、PCR儀和測(cè)序儀的應(yīng)用領(lǐng)域
1. PCR儀
PCR儀廣泛應(yīng)用于以下領(lǐng)域:
(1)基因克?。和ㄟ^PCR擴(kuò)增目的基因片段,用于后續(xù)的基因克隆、突變等實(shí)驗(yàn)。
(2)核酸檢測(cè):用于病原體檢測(cè)、遺傳病診斷、法醫(yī)學(xué)鑒定等。
(3)基因表達(dá)分析:通過實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)技術(shù),研究基因表達(dá)水平。
2. 測(cè)序儀
測(cè)序儀應(yīng)用于以下領(lǐng)域:
(1)基因組學(xué)研究:如人類基因組計(jì)劃、動(dòng)植物基因組測(cè)序等。
(2)疾病研究:通過全外顯子組測(cè)序、全基因組測(cè)序等技術(shù),研究遺傳性疾病、腫瘤等疾病的發(fā)病機(jī)制。
(3)微生物研究:對(duì)微生物群落進(jìn)行多樣性分析,揭示微生物與環(huán)境的相互關(guān)系。
PCR儀和測(cè)序儀雖然都與DNA相關(guān),但它們的工作原理和應(yīng)用領(lǐng)域有很大差異。簡(jiǎn)而言之,PCR儀主要用于DNA的擴(kuò)增,而測(cè)序儀則用于測(cè)定DNA序列。
蘇州阿爾法生物提供的分子生物學(xué)設(shè)備包括:高速離心機(jī)、PCR儀 、電泳儀、凝膠成像系統(tǒng)、全自動(dòng)核酸提取儀、紫外可見分光光度計(jì)、酶標(biāo)儀、生物安全柜、自動(dòng)移液器、熒光顯微鏡、凝膠滲透色譜儀、高效液相色譜儀、質(zhì)譜儀、實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀、流式細(xì)胞儀、生物芯片閱讀儀、電子天平、冰箱和冷藏柜等。更多 實(shí)驗(yàn)室儀器 設(shè)備請(qǐng)進(jìn)入蘇州阿爾法生物實(shí)驗(yàn)器材進(jìn)行咨詢。