隨著癌癥研究的不斷深入，融合基因被認(rèn)為是癌癥發(fā)生的主要原因之一。而快速準(zhǔn)確地對(duì)融合基因進(jìn)行檢測(cè)，則能夠指導(dǎo)醫(yī)學(xué)的研究方案選擇。然而，目前存在的分子檢測(cè)方法在分辨率和通量方面受到一定的限制。而靶向RNA-seq技術(shù)，通過使用生物素化寡核苷酸探針來富集目標(biāo)RNA轉(zhuǎn)錄本，能夠克服這些限制，實(shí)現(xiàn)對(duì)融合基因的敏感檢測(cè)。
傳統(tǒng)的融合基因檢測(cè)方法主要包括Fluorescence in situ hybridization（FISH）和實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)（RT-PCR）。然而，這些方法只能檢測(cè)單個(gè)融合基因，無法識(shí)別新的融合基因伴侶或解析復(fù)雜的結(jié)構(gòu)重組。而靶向RNA-seq技術(shù)可以克服這些限制，其敏感度高，能夠檢測(cè)到罕見或較低表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本。
靶向RNA-seq的優(yōu)勢(shì)在于能夠在一個(gè)實(shí)驗(yàn)中靶向捕獲數(shù)百個(gè)基因，大大提高了融合基因的檢測(cè)率。通過對(duì)多個(gè)細(xì)胞系進(jìn)行檢測(cè)分析，該技術(shù)在檢測(cè)融合基因方面表現(xiàn)出更強(qiáng)的優(yōu)勢(shì)。例如，在肺癌患者的腫瘤組織中，靶向RNA-seq不僅確認(rèn)了ROS1和ALK的重組現(xiàn)象，還確定了其伴侶基因和融合連接位點(diǎn)。這不僅提高了融合基因的檢測(cè)率，還與之前的檢測(cè)結(jié)果具有高度的一致性。
另外，靶向RNA-seq技術(shù)還應(yīng)用于其他疾病的融合基因檢測(cè)。在慢性髓性白血病者中，靶向RNA-seq確定了與imatinib研究反應(yīng)相關(guān)的BCR-ABL1異構(gòu)體。在前列腺癌者中，靶向RNA-seq識(shí)別到了多個(gè)TMPRSS2-ERG融合異構(gòu)體，并發(fā)現(xiàn)這些融合異構(gòu)體具有多樣的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)。此外，靶向RNA-seq還可以用于統(tǒng)計(jì)基因和外顯子的表達(dá)，通過讀深變化來識(shí)別融合連接位點(diǎn)，并發(fā)現(xiàn)融合基因的發(fā)生可能與基因表達(dá)相關(guān)。
為了滿足科研和醫(yī)學(xué)的需要，蘇州阿爾法生物有限公司聯(lián)合海星生物提供了革命性的HyCyte®標(biāo)準(zhǔn)品細(xì)胞株定制服務(wù)。該服務(wù)基于成熟的基因編輯系統(tǒng)，包括CRISPR/Cas9基因定點(diǎn)編輯技術(shù)、VIRUS-Free™ 基因穩(wěn)轉(zhuǎn)技術(shù)以及ClonePlus™細(xì)胞單克隆技術(shù)。通過這些核心技術(shù)，我們可以快速高效地構(gòu)建多基因多細(xì)胞系的突變標(biāo)準(zhǔn)品細(xì)胞株，解決多基因多細(xì)胞系混合突變頻率不確定的難題。
我們的融合基因標(biāo)準(zhǔn)品細(xì)胞株定制服務(wù)具有多項(xiàng)優(yōu)勢(shì)，可以根據(jù)需求針對(duì)DNA或RNA或蛋白等不同層面的檢測(cè)應(yīng)用的細(xì)胞株定制。服務(wù)周期為7-12周，變異頻率可達(dá)到50-100%或高拷貝。我們提供穩(wěn)定傳代的細(xì)胞株交付，同時(shí)也可提供背景細(xì)胞株（野生型細(xì)胞株）。交付形式包括細(xì)胞株、gDNA、ctDNA、FFPE蠟塊。在交付成果后，我們還提供PCR檢測(cè)、Sanger測(cè)序驗(yàn)證等驗(yàn)證方法，以確保標(biāo)準(zhǔn)品細(xì)胞株的質(zhì)量和可靠性。
蘇州阿爾法生物有限公司致力于為科研和制藥企業(yè)提供實(shí)驗(yàn)室儀器、實(shí)驗(yàn)試劑、實(shí)驗(yàn)耗材等產(chǎn)品和服務(wù)。我們將繼續(xù)不斷創(chuàng)新，為客戶提供更多高效、便捷的解決方案，助力科研和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展。
參考文獻(xiàn)：
1. Gallagher RI, et al. Targeted RNA sequencing with a 48 gene panel accurately identifies colorectal cancer patients with microsatellite instability or mismatch repair deficiency. Gastroenterology. 2020; 158: 1308-1320.
2. Singh RR, et al. Clinical validation of a next-generation sequencing screen for mutational hotspots in 46 cancer-related genes. J Mol Diagn. 2013; 15: 607-622.
3. Campbell PJ, et al. The patterns and dynamics of genomic instability in metastatic pancreatic cancer. Nature. 2010; 467: 1109-1113.
4. Dr?qescu CA, et al. Validation of a next-generation-sequencing cancer panel for use in the clinical laboratory. Arch Pathol Lab Med. 2015; 139: 508-517.
